Для тех, кому повезло с MySQL >= 5.1.12, вы можете управлять этой опцией глобально во время выполнения:

Выполнить SET GLOBAL log_output = 'TABLE';
Выполнить SET GLOBAL general_log = 'ON';
Взгляните на таблицу mysql.general_log
Если вы предпочитаете выводить данные в файл, а не в таблицу:

SET GLOBAL log_output = "FILE"; значение по умолчанию .
SET GLOBAL general_log_file = "/path/to/your/logfile.log";
SET GLOBAL general_log = 'ON';